Trakya Üniversitesi, 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 20 Temmuz 1982 tarihinde kurulmuştur. Trakya Üniversitesi; kuruluşta Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi, Tekirdağ Ziraat Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Edirne Meslek Yüksekokulu, Çanakkale Meslek Yüksekokulu, Kırklareli Meslek Yüksekokulu ile İstanbul Üniversitesi Edirne Tıp Fakültesinin bağlantısının değiştirilmesiyle kurulan Tıp Fakültesi, Edirne Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisinin fakülteye dönüştürülmesiyle kurulan Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, Edirne Eğitim Enstitüsünün adının değiştirilmesiyle kurulan Eğitim Yüksekokulu, Çanakkale Eğitim Enstitüsünün adının değiştirilmesiyle kurulan Çanakkale Eğitim Yüksekokulu, Tekirdağ Ziraat Fakültesine bağlanan Tekirdağ Meslek Yüksekokulundan oluşmuştur.
Trakya Üniversitesi bünyesinde;
- Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Keşan Meslek Yüksekokulu 1988’de,
- Devlet Konservatuvarı 1991’de,
- İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, Uzunköprü Meslek Yüksekokulu 1994’te,
- Havsa Meslek Yüksekokulu 1995’te,
- İpsala Meslek Yüksekokulu 2003’te,
- Yabancı Diller Yüksekokulu, Edirne Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Edirne Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu 2006’da,
- Arda Meslek Yüksekokulu 2007’de,
- Güzel Sanatlar Fakültesi ve Tunca Meslek Yüksekokulu 2008’de,
- Sağlık Bilimleri Fakültesi ve Keşan Yusuf Çapraz Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu 2009’da,
- Balkan Araştırma Enstitüsü 2010’da,
- Diş Hekimliği Fakültesi ve Eczacılık Fakültesi 2011’de,
- İlahiyat Fakültesi ve Uzunköprü Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu 2012’de,
- Keşan Hakkı Yörük Sağlık Yüksekokulu 2013’te,
- Roman Dili ve Kültürü Araştırmaları Enstitüsü 2014’te
kurulmuştur. Ayrıca;
- Eğitim Yüksekokulunun 1992 yılında fakülteye dönüştürülmesiyle Eğitim Fakültesi,
- Fen-Edebiyat Fakültesi, 2010 yılında ayrılarak Fen Fakültesi ve Edebiyat Fakültesi,
- Mimarlık ve Mühendislik Fakültesi, 2013 yılında ayrılarak Mimarlık Fakültesi ve Mühendislik Fakültesi,
- Edirne Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulundan ayrılarak 2013 yılında Şehit Ressam Hasan Rıza Güzel Sanatlar Meslek Yüksekokulu,
- Uygulamalı Bilimler Yüksekokulunun 2019 yılında fakülteye dönüştürülmesiyle Uygulamalı Bilimler Fakültesi,
- Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulunun 2020 yılında fakülteye dönüştürülmesiyle Kırkpınar Spor Bilimleri Fakültesi,
ihdas edilmiştir.
Bir bölge üniversitesi olarak kurulan Trakya Üniversitesi; 1992 yılında Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesinin, 2006 yılında Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesinin, 2007 yılında Kırklareli Üniversitesinin kurulmasıyla Edirne il sınırları içerisinde 14 fakülte, 5 enstitü, 4 yüksekokulu, 1 devlet konservatuvarı, 10 meslek yüksekokulu ve 38 uygulama-araştırma merkezi ile ülkemize ve dünyaya aklın, bilimin ve irfanın ışığında geçmişi sahiplenen, bugünü anlayan ve geleceği tasarlayan nesiller yetiştirmektedir.
Trakya Üniversitesinin Kurucu, I ve II. Dönem Rektörü Prof. Dr. Ahmet Tarık Karadeniz’dir. 6 Ağustos 1992'de III. Dönem Rektörlüğüne Prof. Dr. Poyraz Ülger, 6 Ağustos 1996'da IV. Dönem ve 6 Ağustos 2000'de V. Dönem Rektörlüğüne Prof. Dr. Osman İnci atanmıştır. 6 Ağustos 2004'te VI. Dönem ve 6 Ağustos 2008’de VII. Dönem Rektörlüğüne Prof. Dr. Enver Duran atanmıştır. 6 Ağustos 2012 tarihinde Prof. Dr. Yener Yörük, VIII. Dönem Rektörü olarak atanmıştır. Üniversitemizin IX. Dönem Rektörü olarak atanan Prof. Dr. Erhan Tabakoğlu 6 Ağustos 2016 tarihinde görevine başlamış, X. Dönem Rektörü olarak 14 Ağustos 2020’de tekrar atanmıştır.
Cumhurbaşkanı Sayın Recep Tayyip Erdoğan'ın imzasıyla yayımlanan 16 Ağustos 2024 tarihli ve 32634 sayılı Resmî Gazete'de yer alan 2024/290 sayılı karar uyarınca Trakya Üniversitesinin XI. Dönem Rektörü olarak atanan Prof. Dr. Mustafa Hatipler, 16 Ağustos 2024 tarihinde göreve başlamıştır.